Ацагатский дацан был основан в 1825 году (тогда он назывался Курбинский дацан) у речки Шулута, близ улуса Ацагат, в местности Боро-Тоонтой. Первоначальный дацан располагался в неудобном месте — сырой низине. 19 сентября 1868 года прихожане подали прошение правительству о строительстве нового, каменного монастыря в другом месте. 26 марта 1877 года было подано повторное прошение. После исследования предлагаемой местности, 14 апреля того же года было получено разрешение на строительство новых зданий дацана на горе, в трёх верстах от старого, в местности Энгэр-Тугла.
5 августа 1936 года Ацагатский дацан был ликвидирован постановлением Улан-Удэнского городского совета. Были утрачены два сумэ и Джуд-дуган, разрушены монастырские стены, ступы-субурганы, перестроены здания Цогчен-дугана и Чойра-дугана. Здания перешли в ведение Заиграевского детского дома, созданного по школьному типу на базе расформированной трудовой колонии НКВД для малолетних преступников. До 1941 года Заиграевский детский дом был рассчитан на 230 детей.
В 1991 году Ацагат посетил Далай-лама XIV, который благословил возрождение монастыря и освятил место будущего строительства дацана. В 1992 году дацан был восстановлен на новом месте, у склона горы Тамхитын дабан. 6 ноября 1992 года была проведена первая служба.
Событием в истории Ацагатского дацана явилось посещение его цесаревичем Николаем в 1891г. во время его известного путешествия по Сибири и Дальнему Востоку. Предпочтение среди других дацанов было отдано Ацагатскому дацану, который находился по пути следования Николая, расположен недалеко от большого тракта и дорога к дацану была признана удобной.

На террритории Ацагатского дацана расположен Дом-музей Агвана Лобсана Доржиева (1853 - 29 января 1938) — великого бурятского буддийского ламы, ученого, общественного, политического и религиозного деятеля бурятского народа.
В 1999 году старый бревенчатый дом, где жил когда-то выдающийся бурятский просветитель, был перенесён на территорию Ацагатского дацана из села Хара-Шибирь, родины Агвана Доржиева.
1 марта 1999 года дому-музею Агвана Доржиева был присвоен статус республиканского государственного музея.
Фонды музея насчитывают около полутора тысяч экспонатов. Это коллекция из личных вещей Агвана Доржиева, документы, подлинные старинные раритеты. Гордость музея - восковые фигуры буддийских иерархов: Агвана Доржиева, его ученика и близкого друга — Его Святейшества Далай ламы XIII, Его Святейшества Далай ламы XIV, Хамбо-ламы Чойзон-Доржо Ирэлтуева, габжи Агван Нима Цыдыпдоржиева