Анинский дацан «Гандан Шаддувлинг» был основан в 1795 году, в нем хранились 11 родовых знамён хоринских бурят, врученных Петром I в 1703 году делегации хоринцев.
После того, как в 1811 году в дацане сгорело деревянное здание Цогчен-дугана, вместо него было построено каменное при участии русских мастеров. Дуган представлял собой двухэтажное строение с балюстрадой, балконами, гротами и нишами. Первый этаж начинался с высоты человеческого роста. Вместо крыши была построена каменная пирамида, высота которой, не считая двухэтажного здания, составляла по разным источникам от 10 до 15 метров. Пирамиду подпирало 30 колонн.
Недалеко от Анинского дацана проходил Читинский (Старомосковский) тракт, велась оживленная торговля, вся долина была застроена домами и лавками бухарских евреев, китайских торговцев, русских и монгольских предпринимателей, тибетских паломников.
В 1873 году великий князь Алексей Александрович после кругосветного путешествия проезжает по хоринским землям и у стен Анинского дацана его торжественно встречает настоятель храма и главы всех 11 родов хори бурят с главным тайшой (князем) Бадмой Очировым. Алексей А. Романов посещает буддийскую кумирню, заходит в дацан, в каменный храм, отстроенный в 1811 году («губернаторский храм»).
Когда он зашел, отодвинули тяжелые шторы, и князь увидел скульптурное изваяние Екатерины Великой, который был подарен самой императрицей Дамба-Доржо Заяеву. Дамба-Доржо передал скульптурный бюст нашему тайше Иринцею Шодоеву, сыну Шодо Болтрикова. Алексей Романов также увидел портреты императоров – от Петра Великого до здравствующего тогда императора – его отца, Александра II.
Он был глубоко тронут тем фактом, что на окраине Российской империи столь свято чтят государя и почитают символы государственности – флаги, знамена. Он был рад этому и остался в дацане на двое суток. В том месте, где он ночевал, в 1873 году воздвигли Белый дворец – на его постройку он, кстати, подарил несколько золотых монет. Почему дворец Белой Тары? Потому что I Пандито Хамбо лама Заяев ввел в 1766 году эту традицию – главы государства были связаны с Белой Тарой. Белый дворец был построен всего за 9 месяцев и туда перенесли все подаренные императорами и императрицами символы государственности – это был особый дворец на территории Анинского дацана.
В 1891 г. цесаревич Николай Александрович, проезжая по хоринским землям, встретился на берегу реки Ашанга с ламами Анинского дацана. Цесаревич был поражен красотой одежды бурят, их украшений из серебра.
В советские времена в 1930-е годы Анинский дацан был закрыт. Значительную часть монахов расстреляли, здания подверглись разрушению, использовались в качестве конюшен, гаражей и т. п.
С 1990-х годов ведётся восстановление Анинского дацана. Цогчен-дугану присвоен статус объекта культурного наследия регионального значения.
Ныне дацан является первым в истории российского буддизма семейно-родовым монастырским комплексом — вокруг него воздвигнуты 108 субурганов — хранилищ родословных 108 семей хоринских бурят. Освящение субурганов состоялось в 2011 году и было приурочено к 350-летию добровольного вхождения Бурятии в состав России. Территория возрождаемого Анинского дацана занимает 9 гектаров и будет разделена на 9 частей, символизирующих 9 драгоценностей, где будет возведено 17 дуганов.