Музей природы - единственный в Забайкалье - был открыт в 1976 году, в 1990 году ему было присвоено звание «Народный». Ранее музей располагался в Агинском педагогическом училище. В 2008 году построено отдельное специализированное здание. Музей природы имеет шесть залов, в которых размещены натуральные энтомологические, палеонтологические, археологические коллекции, коллекции минералов, горных пород, богатый гербарный материал, чучела животных и птиц. На территории музея имеется дендрологический парк. В конференц-зале проходят массовые природоохранные мероприятия.
Главная цель музейной работы - сбор материалов по охраняемым природным объектам (заповедникам, заказникам, национальным паркам, памятникам природы), редким растениям и животным, а также экологическое образование и воспитание через различные формы природоохранной деятельности. В целом описано более 1200 видов растений (определены на русском, латинском и бурятском языках). Сейчас в фондах музея хранится более 4000 гербарных листов. Одновременно происходило изучение видового состава животного мира, горных пород и минералов, почв, водоёмов, минеральных источников своего края.
В музее создан учебно-методический и научный центр экологического образования и воспитания подрастающего поколения. В свое время в музее была открыта первая в Забайкалье экологическая школа на базе Агинской средней школы №4. Сегодня в музее успешно работает кружок «Юный эколог», клуб «Серебряные волонтеры», мобильный планетарий и интерактивный стол для изучения флоры и фауны Забайкальского края.