Нерчинское духовное училище основано при Преосвященном Вениамине Иркутском в 1805 году. Старое здание в 1814 году было перенесено в новое место из-за затопления, а в 1838 году полностью сгорело.
Построенное в начале XIX века двухэтажное здание в 1862 году было пожертвовано духовному училищу золотопромышленником Михаилом Бутиным, он же через 10 лет безвозмездно достроил здание, значительно увеличив его площадь.
Духовное училище готовило будущих священнослужителей, в 1891-92 году насчитывалось 95 учеников, которым преподавалась арифметика, логика, риторика, география, поэзия, нотная грамота, краткая грамматика, русский, латинский, греческий языки, священная и гражданская истории. Чтобы лучше усваивался материал, практиковалось отеческое наказание розгой.
В 1900 году Духовное училище было переведено в Читу, и в здание переехала Софийская женская гимназия. В советское время в здании размещались школы и РАЙОНО, с начала 2000 годов – налоговая инспекция.
Недавно стало известно, что налоговая служба планирует переехать в помещение поменьше и освободить стены памятника истории и архитектуры. Здание предлагали отдать в использование Нерчинской епархии, но там от него отказались.